此生未命名 - Untitled Life

These days I have bumped into so many issues in Bookdown. Having been asking at GitHub and RStudio Community with no one answering, it's my own quest now. Last update: 20200219-1314 Issues with Bookdown some unknown configs would overwrite GitBook's TOC settings. I.e., output: bookdown::gitbook: config: toc: collapse: none becomes ineffective. Putting anything in the output: bookdown::gitbook: config: sharing: all: […] list crashes the sharing menu bookdown::gitbook: css is ineffective works after many refreshes Issues with Rmarkdown The method in the documentation for embedding YouTube video (  ) does not work. Instead, use the embedding iframe link provided by YouTube. When doing citation, you cannot put two dashes in any key ( -- ), otherwise that entry is not recognised anywhere Cannot put .bib files in sub-folders, otherwise it would not be found

先放链接： loikein@Github 用 blogdown 做什么 设想：research 笔记 现实：期末复习笔记。_。 初步搭建 从 .Rhistory 里挖出了源码： 修改 CSS 虽然也怪我经验不足吧，请看： 就，@#$%^&*。 添加 Disqus 参考： 如何使用hugo搭建个人博客（四）：添加评论系统disqus 添加文章目录 参考： show toc in a rmarkdown file? · Issue #58 · rstudio/blogdown 但是目录默认放在每篇文章的标题下方，长文不方便看。 我想要 Smart TOC 那样的效果，还好它 开源 ，于是复制了一份 CSS 回来研究。（不想加 JS 还是挺不方便的） 预览： 不知道为啥不能滚动，所以标题太多的另外一篇 C 笔记就 overflow 了，待我再研究研究。 Rmd 注意事项

统一改了标题。希望这篇能是最后一篇了，本懒人居然折腾工具折腾到这份儿上，真是本末倒置。 为什么要用 Jupyter Notebook 我一开始接触 Jupyter 的理由很简单，就是拿它来代替我马上订阅到期的 Ulysses。我没有写长文的习惯，短的文章要不放在这里要不放在手机备忘录里，Ulysses 对我而言只是一个同步很方便的 Markdown / 代码 / 笔记收集处而已。 重复了很多遍还是要说，我是一个懒人。我喜欢所见即所得，喜欢四处同步，喜欢一步到位，不喜欢重复劳动。所以（？）我一直不甚喜欢 Markdown，平时数学笔记 用 Pages ，长这样： 之前写过一篇 关于 Ulysses 的博文 ，其实那是我第一次试图在 Ulysses 里面放表格，非常麻烦，且只有在预览的时候才能看到表格效果。我还尝试过在 Ulysses 里插入数学公式，倒是 在文件顶端加两行 就行了，但总还是有点不爽。还有一点，我半年前开始订阅 Ulysses 的时候，对计算机技术并没有现在这么得心应手，大学期间学的计算机课 75% 是在这半年里（大四下学期）学的，思维方式和读英文文档的舒适度可谓日新月异。 至于 R，上个月（10.16）来波恩报到之后，看到教授推荐，我才第一次在电脑里装了 RStudio，然后开始在 DataCamp 上面上课，至今只上完了 10 门课，在这期间几乎一直用 Ulysses 记笔记（因为 Pages 没有代码高亮功能）。 一开始的笔记是这样的，写起来还挺顺手： 开始学做图之后，想能够同时看到代码和做图效果，就每次都要在 RStudio 里 run 一遍，保存图片，再粘贴到 Ulysses，很是恼人： 有一天不知怎的看到了 这篇文章 ，心里一惊。虽然我并不写程序，但这种文字、代码、运行结果的混排真是正正地戳中了我记笔记的痛点。修改了代码之后直接在笔记本里运行，直接更新结果，简直是 学习编程 的法宝。于是开始了漫长（怎么才过了十天）的搬家过程。 再过两周就没有 Ulysses 用了，不搬也得搬。 Jupytext  和 R Notebooks 日前写完前三篇自救日记，在网上漫无目的地摸鱼，发现了 益辉老师的博客 ，遂翻之。看到 这篇 的时候，我顿时意识到这正是我需要的多后缀同步工具（ .ipynb ...

继续（继续）折腾 Jupyter。 后记：出于各种原因我已经把 我的 fork  存档了，存档之后 Heroku 链接还能继续用。 TLDR：人生苦短，请用  rnotebook.io 。 Python：Heroku & GitHub 看了以下两篇文章之后决定试试 Heroku。 Heroku 快速搭建 免费高性能 Jupyter Notebook Herokuの無料枠を使ってJupyterサーバを立てる方法 首先需要注册一个 Heroku 的帐号，免费的。 这个 自动一键部署 的环境目前稳定版只支持 Python 3，我完整部署了三次才成功。作者写了 2 + 3 正在开发中，没试，不知道好不好用。 使用方法： Fork 它 在自己 fork 出来的 repository 里面点一下紫色的 Deploy to Heroku 按钮 弹出的 Heroku 页面里面如果没有设置 Config Vars 的选项的话失败了，关掉重新点一次，如果有就继续 在 JUPYTER_NOTEBOOK_PASSWORD 里输入登录 Jupyter 首页的密码，如果在 repository 里放了自己的文档的话就不要告诉别人，如果打算纯当平台就随便设个简单的 点 Deploy 等 等个三五分钟，全部跑好之后会出现 View 按钮，点进去（第一次打开需要再等等）输入密码就出现 Jupyter 首页了。 只用 Python 的人大概到这里就很开心了，但是我只用 R……。 在 Heroku 上部署 Jupyter kernel 的尝试 一把辛酸泪，目前暂时没有总结的动力了，姑且列一下参考链接。 （意外成功部署了 LaTeX kernel，但是 Heroku 免费用户每个 deployment 只有 500 MB 的限额，发布不动了，查 TinyTeX 就是为了修正，但是我已经被 Heroku 折腾怕了，有缘再见吧。） Using R with Jupyter Notebooks installspec: Install the kernelspec to tell Jupyter about IRkernel GitHub - IRkernel IRkernel - Installi...

继续折腾 Jupyter。 看了 如何用 iPad 运行 Python 代码？ 这篇文章之后，我心潮澎湃，自己也来搞一下。 初始化本地 GitHub 环境 我其实一直觉得 GitHub 不适合我这种懒人。然而发现 一篇文章 讲得真的很好，行文风格完全符合我对这种类型的说明文的想象，遂从善如流。 总结一下： 在 GitHub 上新建一个 repository，initialize with readme 安装 GitHub Desktop 选择 Clone A Repository，选择刚建好的 在本地目录里显示克隆好的空 repository 把需要的文件拖进去 在 GitHub Desktop 里 Commit 在 GitHub Desktop 里 Push origin 以后每次需要添加本地文件的时候，打开 GitHub Desktop，Pull / Fetch origin，再重复步骤 5 ~ 7 就可以了。 或者你可以 fork 我的 repository ，然后随便改改。 Binder 可以做什么，不可以做什么 Binder 可以： 在浏览器内运行 Jupyter Notebook / Lab（Python / R kernel），RStudio 等软件（1G RAM） 加载 Jupyter Notebook extensions 加载 R 包 读取、编译、运行 GitHub 上的 .ipynb 文件 分享链接给任何人 Binder 不可以 ： Commit to GitHub（ 参考 ） 一直开着（连续 10 分钟不使用会自动掉线） 即是说，就算在 Binder 里新建 / 修改 / 保存了文件，关闭之后再次打开是会消失的。 解决方法是在 Binder 里修改了文件之后，点 File > Download as > Notebook，把下载的文件放到 GitHub 的本地文件夹里，再 Commit + Push 就可以了。 然而由于 Binder 的 launch 机制是在 Docker 上创建 repository 的快照，所以所有更改都只有到下一次 launch Binder 的时候才会生效。 一些重要文件 这些文件（保留文件名）需要事先放在 Git...

下载 Jupyter Notebook 下载安装  Anaconda 。 Terminal： jupyter notebook 自动在网页里打开 Jupyter 主页，就可以写 Python 了。 注意：所有 Anaconda 环境下的 terminal 命令（ conda … ）都需要 quit Jupyter 之后才能使用。 杂项之一 pip --upgrade 升级一下 安装 JDK 装了 Jupyter 之后 terminal 老提示我没有 JDK，不知道为什么没人说过，反正装了没坏处。 JDK 8 官网下载 ，安装。 Terminal： java -version ，出现 java version "1.8.0_191" 之类的提示就算成功了。 安装 IRkernel 首先电脑里要装了 R。 Terminal： conda install -c r r-essentials ，遇到 y/n 一路 y 就行了。 安装扩展管理（nbextensions），安装目录扩展（TOC2） Terminal： conda install -c conda-forge jupyter_contrib_nbextensions 打开 Jupyter，主页上方多了一个叫 Nbextensions 的标签，在里面搜索 Table of Contents (2)， 点 Enable 就行了。 上图： 调整 R 输出图像尺寸 来源： 这里 安装 rpy2 （目前用不了） Terminal： pip install rpy2 import rpy2 print(rpy2.__version__) R embed in Python Jupyter notebook（python）： %load_ext rpy2.ipython Troubleshooting conda update r-essentials Dead kernel 反复且无法自动重启： conda install -c defaults zeromq    来源于这里 退出  (base) （Anaconda）环境： source deactiva...